PrincipalComponentsAlg.h

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#ifndef PrincipalComponentsAlg_h
#define PrincipalComponentsAlg_h

// Framework Includes
namespace fhicl {
  class ParameterSet;
}

// LArSoft includes
namespace detinfo {
  class DetectorPropertiesData;
}
namespace geo {
  class Geometry;
}

// Algorithm includes
#include "larreco/RecoAlg/Cluster3DAlgs/Cluster3D.h"

// Eigen
#include <Eigen/Core>

namespace lar_cluster3d {

  class PrincipalComponentsAlg {
  public:
    PrincipalComponentsAlg(fhicl::ParameterSet const& pset);

    void PCAAnalysis(const detinfo::DetectorPropertiesData& detProp,
                     const reco::HitPairListPtr& hitPairVector,
                     reco::PrincipalComponents& pca,
                     float doca3DScl = 3.) const;

    void PCAAnalysis_3D(const reco::HitPairListPtr& hitPairList,
                        reco::PrincipalComponents& pca,
                        bool skeletonOnly = false) const;

    void PCAAnalysis_2D(const detinfo::DetectorPropertiesData& detProp,
                        const reco::HitPairListPtr& hitPairVector,
                        reco::PrincipalComponents& pca,
                        bool updateAvePos = false) const;

    void PCAAnalysis_calc3DDocas(const reco::HitPairListPtr& hitPairVector,
                                 const reco::PrincipalComponents& pca) const;

    void PCAAnalysis_calc2DDocas(const reco::Hit2DListPtr& hit2DVector,
                                 const reco::PrincipalComponents& pca) const;

    int PCAAnalysis_reject2DOutliers(const reco::HitPairListPtr& hitPairVector,
                                     float aveHitDoca) const;

    int PCAAnalysis_reject3DOutliers(const reco::HitPairListPtr& hitPairVector,
                                     const reco::PrincipalComponents& pca,
                                     float aveHitDoca) const;

  private:
    float m_parallel;                
    const geo::Geometry* m_geometry; // pointer to the Geometry service
  };

} // namespace lar_cluster3d
#endif